Da FAT-Dateisysteme das Dateidatum nur mit geraden Sekundenzahlen speichern können, kommt es bei Kopieren zwischen FAT und NTFS-Dateisystemen zu Differenzen, die eine Datei vermeintlich als geändert ansehen. Der FileLogger erkennt dies und ignoriert diese Dateien, wenn die Dateigröße gleich ist.

In den Programmeinstellungen Dateivergleich kann diese Option verändert werden.